Studia założone zostały w 1963 r. Pierwszym redaktorem naczelnym Studiów był profesor Uniwersytetu Warszawskiego Rafał Gerber, kierownik Zakładu Historii Europejskich Krajów Socjalistycznych IH PAN. Zakład ten po latach przekształcił się w Zakład Dziejów Europy XIX i XX wieku. Aktualnie działa jako Pracownia Historii Europy Wschodniej i Studiów nad Imperiami XIX i XX wieku w strukturze Zakładu Historii XX wieku. Kolejnymi redaktorami Studiów byli: prof. Janusz Żarnowski, prof. Piotr Łossowski, prof. Marek Kazimierz Kamiński i prof. Andrzej Nowak. Obecnie pismo redaguje zespół pod kierownictwem prof. Daniela Boćkowskiego, a w Radzie Redakcyjnej zasiadają tak wybitni reprezentanci światowej nauki historycznej, jak: Kimitaka Matsuzato, Timothy Snyder, Ēriks Jēkabsons, Darius Staliunas. Członkiem Rady był zmarły w 2018 roku Richard Pipes.

Pierwszy numer ukazał się w 1965 r. i nosił tytuł „Studia z Dziejów ZSRR i Europy Środkowej”. W 1992 r. tytuł rocznika zmieniono na „Studia z Dziejów Rosji i Europy Środkowo-Wschodniej”.

Na najnowszej liście czasopism naukowych i recenzowanych materiałów z konferencji międzynarodowych MEiN „Studia z Dziejów Rosji i Europy Środkowo-Wschodniej” uzyskały 100 pkt.

W latach ubiegłych Studia realizowały programy finansowane przez ministerstwo właściwe do spraw nauki, a mające na celu podniesienie poziomu czasopisma i upowszechnianie wyników badań, szczególnie w języku angielskim. Obecnie jest to 2-letni projekt MSiN „Rozwój czasopism naukowych”. W ostatnich latach Studia realizowały program „Wsparcia dla Czasopism Naukowych” MNiSW oraz 5-letni projekt Narodowego Programu Rozwoju Humanistyki, w ramach którego co roku wydawany był dodatkowy numer anglojęzyczny.